菌种 | 拉丁名 | 菌株编号 |
| 大肠埃希氏菌 | Escherichia coli | ATCC8099 |
| 大肠埃希氏菌 | Escherichia coli | BL21（RIPL） |
| 大肠埃希氏菌 | Escherichia coli | BL21（DE3）plyss |
| 大肠埃希氏菌 | Escherichia coli | E.coli k12-MG1655 |
| 大肠埃希氏菌 | Escherichia coli | ATCC25922 |
| 大肠埃希氏菌 | Escherichia coli | DH5α-pir |
| 大肠埃希氏菌 | Escherichia coli | plyss |
| 大肠埃希氏菌 | Escherichia coli | stbl3 |
| 大肠埃希氏菌 | Escherichia coli | bl21 |
| 大肠埃希氏菌 | Escherichia coli | EDL931 |
| 大肠埃希氏菌 | Escherichia coli | TOP10 |
| 大肠埃希氏菌 | Escherichia coli | CICC10032 |
| 大肠埃希氏菌 | Escherichia coli | X7213 |
| 大肠埃希氏菌 | Escherichia coli | CMCC44102 |
| 地衣芽孢杆菌 | Bacillus licheniformis | ATCC14580 |
| 金黄色葡萄球菌 | Staphylococcus aureus | ATCC29213 |
| 金黄色葡萄球菌 | Staphylococcus aureus | ATCC25923 |
| 金黄色葡萄球菌 | Staphylococcus aureus | USA300 |
| 金黄色葡萄球菌 | Staphylococcus aureus | RN4220 |
| 金黄色葡萄球菌 | Staphylococcus aureus | ATCC33591 |
| 金黄色葡萄球菌 | Staphylococcus aureus |
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| 幽门螺旋杆菌 | Helicobocton Pyloni | ATCC43504 |
| 幽门螺旋杆菌 | Helicobocton Pyloni | ATCC26695 |
| 幽门螺旋杆菌 | Helicobocton Pyloni | SS1 |
| 铜绿假单胞菌 | Pseudomonas aeruginosa | ATCC27853 |
| 铜绿假单胞菌 | Pseudomonas aeruginosa | PAO1 |
| 铜绿假单胞菌 | Pseudomonas aeruginosa | PAK |
| 甲型溶血性链球菌肺炎链球菌 | streptococcus pneumoniae | ATCC49619 |
| 肺炎链球菌 | streptococcuspneumoniae | ATCC BAA-334 |
| 唾液链球菌 | Streptococcus Salivarius | ATCC13419 |
| 粪肠球菌 | Enterococcus faecalis | OG1RF |
| 粪肠球菌 | Enterococcus faecalis | ATCC29212 |
| 表皮葡萄球菌 | Staphylococcus epidermidis | ATCC35983 |
| 鲍曼不动杆菌 | Acinetobacter baumannii | ATCC19606 |
| 白色念珠菌 | Candida albicans | SN152 |
| 白色念珠菌 | Candida albicans | SC5314 |
| 白色念珠菌 | Candida albicans | SN250 |
| 白色念珠菌 | Candida albicans | CMCC98001 |
| 枯草芽孢杆菌 | Bacillus subtilis | 168 |
| 枯草芽孢杆菌 | Bacillus subtilis | 203 |
| 枯草芽孢杆菌 | Bacillus subtilis | PY79 |
| 枯草芽孢杆菌 | Bacillus subtilis | ATCC 6633 |
| 枯草芽孢杆菌 | Bacillus subtilis | CMCC63501 |
| 酿酒酵母 | Saccharomyces cerevisiae | S288C |
| 酿酒酵母 | Saccharomyces cerevisiae | BY4741 |
| 酿酒酵母 | Saccharomyces cerevisiae | BY4742 |
| 酿酒酵母 | Saccharomyces cerevisiae | THY.AP4 |
| 酿酒酵母 | Saccharomyces cerevisiae | THY.AP5 |
| 酿酒酵母 | Saccharomyces cerevisiae | YM4271 |
| 酿酒酵母 | Saccharomyces cerevisiae | CEN .PK2‑1C |
| 酿酒酵母 | Saccharomyces cerevisiae | Y187 |
| 酿酒酵母 | Saccharomyces cerevisiae | AH109 |
| 酿酒酵母 | Saccharomyces cerevisiae | w303 |
| 毕赤酵母 | Pichia.pastoris | X31-10 |
| 毕赤酵母 | Pichia.pastoris | GS115 |
| 乳酸乳球菌 | Lactococcus lactis | nz9000 |
| 乳酸乳球菌 | Lactococcus lactis | NZ3900 |
| 乳酸乳球菌 | Lactococcus lactis | MG1363 |
| 罗伊氏乳杆菌 | Lactobacillus reuteri | DSM17938 |
| 罗伊氏乳杆菌 | Lactobacillus reuteri | ATCC23272 |
| 德氏乳杆菌保加利亚亚种 | Lactobacillus delbrueckii subsp. Bulgaricus | CICC6098=DSM 20080 |
| 德氏乳杆菌保加利亚亚种 | Lactobacillus delbrueckii subsp. Bulgaricus | CICC6047 |
| 德氏乳杆菌保加利亚亚种 | Lactobacillus delbrueckii subsp. Bulgaricus | ATCC11842 |
| 变形链球菌 | Streptococcus mutans | UA159 |
| 新生隐球菌 | Cryptoccus neo formans | H99 |
| 鼠李糖乳杆菌 | Lactobacillus rhamnosus | ATCC53103=GG1 |
| 阴沟肠杆菌 | Enterobacter cloacae | ATCC 23373 |
| 阿氏肠杆菌 | Enterobacter asburiae | ATCC35953 |
| 肺炎克雷伯菌 | Klebsiella Pneumoniae | ATCC700603 |
| 肺炎克雷伯菌 | Klebsiella Pneumoniae | NUTH-K2044 |
| 肺炎链球菌 | Klebsiella Pneumoniae | TIGR4 |
| 根癌农杆菌 | Agrobacterium tumeficiens | GV3101 |
| 根癌农杆菌 | Agrobacterium tumeficiens | AGL1 |
| 根癌农杆菌 | Agrobacterium tumeficiens | EHA105 |
| 根癌农杆菌 | Agrobacterium tumeficiens | EHA101 |
| 根癌农杆菌 | Agrobacterium tumeficiens | LBA4404 |
| 发根农杆菌 | Agrobacterium rhizogenes | A4 |
| 单形拟杆菌 | Bacteroides uniformis | ATCC8492 |
| 多形拟杆菌 | Bacteroides thetaiotaomicron | ATCC29148 |
| 马尔尼菲篮状菌 | Talaromyces marneffei | ATCC18224 |
| 牙龈卟啉单胞菌 | Porphyromonas gingivalis | ATCC33277 |
| 人肺炎支原体 | Mycoplasma pneumoniae | M129 |
| 脱硫弧菌 | desulfovibrio | ATCC29517 |
| 脱硫弧菌 | desulfovibrio | ATCC29579 |
| 白色葡萄球菌 | Staphylococcus Albus | ATCC8032 |
| 溶藻弧菌 | Vibrio Alginolyticus | ATCC33787=AS1.1587 |
| 伴放线放线杆菌 | Aggregatibacter Actinomycetemcomitans | JCM12985 |
| 多形拟杆菌 |
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| 单形拟杆菌 |
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| 产气荚膜梭菌 |
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| 产气柯林斯菌 | Collinsella aerofaciens | ATCC25986 |
| 猪丹毒杆菌 | Burkholderia pseudomallei | G4T10 |
| 肠乳杆菌 | Lactobacillus intestinalis | DSM6629 |
| 另枝杆菌 | Alistipes inops | DSM28863=627=VKM B-2859= JCM 32777 |
| 鼠乳杆菌 | Lactobacillus murinus | ATCC 35020 =BCRC 14020 =CCUG 33904 =CIP 104818 =DSM 20452 =KCTC 3546 =LMG 14189 =NBRC 14221 |
| 嗜肺军团菌 | legionella pneumophila | ATCC33152 |
| 克罗彭施泰特棒杆菌 | Corynebacterium kroppenstedtii | ATCC BAA-2858 |
| 柠檬酸杆菌 | Citrobacter youngae | ATCC29220=CDC 1885/75 |
| 植物乳杆菌 | Lactobacillus plantarum | ATCC8014 |
| 谷氨酸棒状杆菌 | Corynebacterium glutamicum | ATCC14067 |
| 谷氨酸棒状杆菌 | Corynebacterium glutamicum | ATCC13032 |
| 鼠伤寒沙门菌 | Salmonella typhimuvium | VNP20009 |
| 脆弱拟杆菌 | Bacteroides fragilis | NCTC9343 |
| 具核梭杆菌 | Fusobacterium nucleatum | ATCC25586 |
| 唐菖蒲伯克霍尔德氏菌 | Burkholderia gladioli | ATCC10248 |
| 淋病奈瑟氏菌 | Neisseria gonorrhoeae | ATCC49226 |
| 猪布鲁氏菌 | Brucella suis | S2 |
| 约氏乳杆菌 | Lactobacillus johnsonii | ATCC33200 |
| 婴儿双歧杆菌 | Bifidobacterium infantis | ATCC15697 |
| 假长双歧 | Bifidobacterium pseudolongum | GDMCC1.2277=JCM1205=ATCC25526 |
| 干酪乳杆菌 | Lactobacillus casei | ATCC334 |
| 鲍曼不动杆菌 | Acinetobacter baumnnii | ATCC19606 |
| 光伏希瓦氏菌 | Shewanella loihica | ATCC-BAA-1088 |
| 阴道加德纳氏菌 | Gardnerella vaginalis | ATCC49145 |
| 奇异变形杆菌 | Proteus mirabilis | ATCC49005 |
| 烟曲霉 | Aspergillus fumigatus | ATCC96918 |
| 链格孢霉 | Alternaria dauci | DSM62016 |
| 链格孢霉 | Alternaria dauci | DSM62017 |
| 苹果炭疽菌 | Glomerella cingulata | bio-24525 |
| 指状青霉 | Penicillium Digitatum | PD1 |
| 茄病镰刀菌 | Haematonectria | ATCC28623 |
| 灰葡萄孢 | Botrytis cinerea |
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| 黄曲霉 | Aspergillus flavus | CGMCC 3.4408 |
| 里氏木霉 | Trichoderma reesei | ATCC56765 |